引物设计基本原理是什么(引物设计基本原理)

引物设计基本原理？

原理??

1、 选择合适的靶序列：设计引物之前，必须分析待测靶序列的性质，选择高度保守、碱基分布均匀的区域进行引物设计。

2、 长度：一般来说，寡核苷酸引物长度为 15～30bp。

3、 Tm 值：引物的 Tm 值一般控制在 55～60℃，尽可能保证上下游引物的 Tm 值一致，一般不超过 2℃。若引物中的 G+C 含量相对偏低，则可以使引物长度稍长，而保证一定的退火温度。

4、 （G+C）含量：有效引物中（G+C）的比例一般为 40～60%。

5、 碱基的随机分布：引物中四种碱基的分布最好是随机的，不存在聚嘌呤和聚嘧啶，尤其在引物的 3’端不应超过 3 个连续的 G 或 C。

6、 引物自身：引物自身不存在连续 4 个碱基以上的互补序列，如回文结构，发夹结构等，否则会影响到引物与模板之间的复性结合，尤其避免 3’末端的互补。

延伸阅读

设计引物的方法步骤？

引物设计的详细步骤

引物设计step by。

在NCBI上搜索到目的

引物设计的详细步骤

一、引物设计step by step 1、在NCBI上搜索到目的基因，找到该基因的mRNA，在CDS选项中，找到编码区所在位置，在下面的rigin中，Cpy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。

pcr反应反应引物设计原则是什么？

. 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。

2. 引物长度一般在15~30碱基之间。

3. 引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。

4. 引物3′端要避开密码子的第3位。

5. 引物3′端不能选择A，最好选择T。

6. 碱基要随机分布。

7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。

8. 引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。

9. 引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。

10. 扩增产物的单链不能形成二级结构。11. 引物应具有特异性。

设计引物注意事项？

1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 (22)bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。

2. 碱基要随机分布。引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错误引发（False priming）。降低引物与模板相似性的一种方法是，引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C，如GGG或CCC，因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。

3. 引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。